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| Question | Answer |
| Was ist Genomannotation? | Genorte finden und alle kodierenden Regionen (locate) Herausfinden was dieses Gen macht |
| Werden alle Gene in Proteine übersetzt? | Nein, das Humangenom hat > 20 000 RNA Gene |
| Werden alle Genregionen proteinkodierender Gene in Proteine übersetzt? | Nein es gibt auch untranslatierte Exons |
| Was ist alternatives Spleißen? | Eukaryotische Gene werden nach Transkription alternativ gespleißt. Die mRNA-Spleißvarianten können unterschiedliche Proteine kodieren. (Eine mRNA, mehrere Proteine) |
| Wie sind unsere Gene struckturiert, warum wird dadurch die Gen Identifizierung bei EK erschwert? | Mosaikgene aus vielen Introns und Exons Funktionelle Teile eines Gens sind als Schnipsel (Exons) verteilt (durchschnittliche Länge: nur 145 Basenpaare) => Nadeln im Heuhaufen |
| Was kann auf ein Gen hindeuten? | Startkodons, Stopkodons > ORFS („open reading frames“) • Spleiß-Donor/Akzeptor-Stellen (“GT-intron-AG“) • Promoter: Bindemotive für Transkriptionsfaktoren („Boxen“) Startpunkt der Transkription (+1, cap site) CpG-Inseln • Polyadenylierungssignal (AATAAA) am Ende des Transkripts |
| Welcher Strang kodiert für ein GEn? | Beide Stränge! manche Gene überlappen, dh.: beide Stränge der DNA kodieren dort |
| Wie sind Bakteriengene aufgebaut? | in Operons Reihe von 2 oder mehr Genen und regulatorischen Sequenzen Proteine werden so koordiniert exprimiert und besitzen eng verwandte Funktionen |
| Wie liegen die Gene bei Viren vor? | • Gene liegen sehr dicht gepackt • Gene können partiell überlappen • beide Stränge der DNA kodieren |
| Was sind die zwei Strategien der gensuche? | DE NOVO Genvorhersage -> ich wende Allgemeinwissen an, wie Gene „gebaut“ sind DATENBANKSUCHE -> ich suche: gibt es woanders schon ähnliche Gene? |
| Was sind ORFs? | Hypothese auf eine Potentielle Proteinkodierende Region Teil einer DNA Sequenz ohne Stop Codons, wobei Start Codons durchaus enthalten sein können Mit insgesammt 6 möglichen Frames (Sequenz aufgeteilt in dreier sets, nicht überlappender Triplets) |
| Welches Modell/Programm kann zur Genvorhersage benutzt werden? | z.B.: Das Hidden Markov Model (HMM) hier werden tatistische Kenntnisse zur Architektur von Genen benutzt |
| Was ist das HMM | verwende statistische Informationen, um Abfolgen (Reihe von ZUständen mit einer gewissen W'keit) (z. B. Sequenzen) zu klassifizieren |
| Was ist die Emissions, und was ist die Übergangswahrscheinlichkeit? | Emission? -> W'keit für Base ACGT Übergangsw'keit? -> Übergang zu Base ACGT |
| Wozu dient das HMM? | > Vorhersage der Genstruktur (Exons/Introns) > Vorhersage von Promoterbereichen |
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