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| Question | Answer |
| Wie viel ist 1 Angstrom in Meter? | 1 * 10^-10m |
| Warum können sich Sequenzen trotz hoher Ähnlichkeiten dennoch in einzelnen Basen unterscheiden? | Punktmutation Sequenzierungsfehler etc |
| Warum geht die Sängersequenzierung nicht über 1000BP hinaus? | limitation der Gelelektrophorese (Grenzen des Auflösevermmögens) (Agarose-Gele sind relativ großporig und eignen sich gut zur Trennung von DNA und hochmolekularen Proteinen. |
| Welche zwei Prozesse finden mit der SARS RNA statt, wenn sie in der Wirtszelle angekommen ist? | Translation Replikation |
| Wie geht man vor um die Hypothese zu testen, dass alle Blutgruppen in Europa und Afrika gleich häufig vorkommen? | 1. Daten sammeln 2. Test?-> Chi-squared 3. Nullhhypothese H0 aufstellen (Man geht davon aus, dass alle Blutgruppen...) |
| Was ist die Atomare Auflösung? | Atomare Auflösung -> Wie gut können individuelle Atome in einer Struktur voneinander unterschieden werden Mit einer Auflösung von 1.2 A oder besser können die Positionen von Atomen mit Gewissheit bestimmt werden. |
| Was sind die zwei Struckturbrechenden Proteine? | Glycin und Prolin |
| In einer Datenbank gibt es 5 Treffer zwischen der mRNA einer Maus und dem Humangenom? | - - - |
| Nenne Aromatische Proteine? | Phenylalanin, Tyrosin und Tryptophan (Benzolring) sowie Histidin (Imidazolring) |
| Wie groß ist ein Atom, Aminosäure, Protein? | Atom-> 0,1 bis 0,5 nm, AA->0,4 bis 1 nm Protein->2–100 nm |
| Wenn man bei einer Elektronendichte von 3,5 A statt 5 A misst, kann man dann mehr oder weniger sehen? | Mehr sehen bei 3,5 Å statt 5 Å: Höhere Auflösung (3,5 Å): Du siehst mehr Details, weil du feinere Strukturen erkennen kannst. Bei 3,5 Å kannst du die Atompositionen in Molekülen genauer bestimmen und kleinere Strukturen besser auflösen. Niedrigere Auflösung (5 Å): Hier sind die Details gröber, und feine Strukturen oder atomare Details sind möglicherweise nicht erkennbar. |
| Welche WW zwischen Asp und Arg? | Wasserstoffbrückenbindungen ( zwischen dem Sauerstoff der Amidgruppe von Asparagin und den Amino-Gruppen der Guanidinium-Seitenkette von Arginin ) Elektrostatische WW (Arginin: Die positiv geladene Guanidiniumgruppe von Arginin kann elektrostatische Wechselwirkungen mit negativ geladenen Atomen eingehen. Asparagin: Obwohl Asparagin keine formale Ladung in seiner Seitenkette hat, kann es durch die Polarität seiner Amidgruppe elektrostatische Wechselwirkungen mit den positiv geladenen Gruppen von Arginin eingehen.) |
| Was findet sich am 5' UTR Ende? | wichtige regulatorische Elemente, die nicht für Proteine codieren, aber die Translation und Stabilität der mRNA beeinflussen. (Die 5'-UTR reguliert die Translation, enthält aber keine Start- oder Stop-Codons und kodiert somit nicht direkt für Proteine.) (Cap-Struktur (5'-Cap), Regulatorische Sequenzen, ev. Exons) |
| Was ist der unterschied zwischen einer synonymen und einer nicht synonymen Basensubstitution | nicht synonym-> Bei der translation wird eine andere/ falsche Aminosäure translatiert synonym -> silent mutation (gleiche Aminosäure) |
| welche Sequenztypen erschweren die Assemblierung großer komplexer Gene? | Repeats |
| Welche Art von Nukleinsäure besitzt SARS COV? | RNA (ist ein ssRNA Virus) |
| Aufgrund welcher strukturellen Eigenschaften ist die Vorhersage proteinkodierender Gene im menschlichen Genom immernoch schwierig? | nicht jeder ORF kodiert für Proteine alternatives spleißing repetitive Sequenzen |
| wie viele gene schätzt man hat das menschliche Genom? | etwa 20.000-25.000 |
| Wie macht das SARS- Virus aus zwei durch stop codons getrennten PK Genbereich ein Protein? | Ribosomales Frameshifting Das SARS-CoV-Virus (wie auch das SARS-CoV-2-Virus) nutzt eine Strategie namens Ribosomales Frameshifting (insbesondere -1 Ribosomal Frameshifting), um zwei durch Stopcodons getrennte proteinkodierende Genbereiche als ein Protein zu exprimieren. Diese Strategie ermöglicht es dem Virus, trotz der Stopcodons in seiner RNA-Sequenz, bestimmte Regionen zu überspringen und dadurch zusammenhängende Proteine zu produzieren. |
| Nenne einen Algorithmus zum erstellen eines molekularen Stammbaums | Needleman Wunsch (dynamic programming) |
| Was ist das Problem der UPGMA methode? | Es wird von einer konstanten Evolutionsrate ausgegangen, kann nicht mehr von dem fertigen Stammbaum auf die Ausgangsmatrix schließen |
| Was ist ein Mono was ein Paraphylum? | Monophylum-> enthällt die letzte gemeinsame Stammform und alle ihre untergruppen paraphylum->enthällt die letzte gemeinsame Stammform aber nicht alle ihre untergruppen |
| Worin unterscheiden sich grundsätzlich Matrix orientierte Methoden von charakterorientierten Methoden? | MO-> Squenzen werden in Distanz-Matrix konvertiert (durchschnittliche Änderung pro Position) CM-> Jede Position wird als informative Einheit betrachtet |
| Was ist eine Außengruppe im Stammbaum? | zur erstellung eines rooted tree mit Evolutionsrichtung ist die am weitesten entfernte mit den anderen Taxa entfernte Gruppe (aufspaltung am längsten zurückgehend) |
| Was sind die 4 Proteinebenen? | 1°-> Abfolge Aminosäure sequenz 2°->alpha helix beta faltblatt (nahortung des Proteinbackbones durch h2o Brücken) 3°->Die vollständige dreidimensionale Faltung der gesamten Polypeptidkette. (durch verschiedene Wechselwirkungen (hydrophobe Interaktionen, Wasserstoffbrücken, ionische Bindungen, Disulfidbrücken) stabilisiert) 4°-> Zusammenlagerung mehreren Polypeptidketten (Untereinheiten), die zu einem funktionalen Protein aggregieren. Die Quartärstruktur beschreibt die räumliche Anordnung und Wechselwirkungen dieser Untereinheiten. |
| Nenne die drei Techniken zur Protein Strucktur bestimmung | Röntgenstruckturbestimmung Elektromikroskopie NMR |
| Welche Auflösung ist mit dem 3D Elektronenmikroskop möglich? | 3A (>5A) |
| Was stellt ein Ramachandran plot dar, welche Schlüsse können daraus gezogen werden? | Winkelverteilung (phi psi) im Protein Zeigen Energetisch günstige Winkelkombinationen und Vorhersagen der 2° Strucktur |
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