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| Question | Answer |
| Worauf basiert molekulare Phylogenie? | Basiert auf dem Vergleich von Sequenzen (DNA oder Protein) |
| Was wird bei der molekularen Phylogenie untersucht? | 1. Verwandtschaft von Organismen 2. Verwandtschaft zwischen Genen/Proteinen (Genomevolution) 3. Ausbreitung von Lebewesen (Epidemiologie) |
| Was sind die Vorteile der molekularen Phylogenie? | 1. Sequenzen sind direkt vererbt (keine Umwelteinflüsse) 2. S. sind in großer Menge kostengünstig und schnell zu erhalten) 3. S. sind frei von Interpretationseinflüssen 4. S. erlaufen Vergleich über große Distanzen (PILZ, Tier) |
| Was ist Dichotomie und Polytomie? | |
| Was gibt es für Stammbaumtypen? | Unrooted (Ohne Außengruppe) Rooted (Mit Außengruppe) |
| Was ist der unterschied der beiden Stammbaumtypen? | unrooted -> keine Verwandtschaftsverhältnisse -> Keine Evolutionsrichtung rooted -> mit Evolutionsrichtung kann jedoch auch falsch sein (braucht extra Background information) Wahrscheinlichkeit an möglichen rooted trees sind sehr hoch |
| Welcher Sequenz vergleich macht Sinn? | Vergleich aufgrund von Homologie und nicht konvergenz! |
| Wie ist die Allgemeine Vorgehenesweise zur erstellung eines Stammbaums?? | Multiples Sequenzalignment erstellen (DNA oder Protein) Sequenzen vergleichen > Ähnlichkeit bestimmen Aus Ähnlichkeitsmaß die Verwandtschaft rekonstruieren (Baum |
| Wann benutzzt man DNA und wann Protein? | DNA -> hohe Verwandtschaft (SARS Varients unter Menschen) Protein -> Virus von verschiedenen Spezies |
| Warum ist es nicht einfach, das „beste“ Alignment zu konstruieren? | Alignment ist immer nur eine Hypothese zur Sequenzevolution hohe Zahl an möglichen Alignments schon bei einer geringen Bp Sequenz |
| Was sind die Alignment strategien? | |
| Was ist ein Evolutionsmodell? | Ein ‚Evolutionsmodell‘ basiert auf empirischen Daten! Zum Beispiel hier: Ich weiß, die Aminosäure Cystein ist für die Proteinstruktur äußerst wichtig (jede Sequenz ist potentiell alignable aber macht dieses Alignment auch sinn?) |
| Was ist die wichtige Rolle von Cystein? | - Cysteine sehr konserviert während der Evolution - Dienen als Ankerpunkt zweier Sequenzen |
| Nach welchem System erfolgt die Bewertung der Ähnlichkeit zweier Sequenzen? | Durch den Similarity Score (S) |
| Was ist Indel? | Mutation führt zu Polymorphism wegen Insertation oder Deletion |
| Was ist eine Substitutions Matrize bei Proteinen? | AS können chemisch sehr ähnlich sein "Kosten" für bestimmte AS Austausche sind faher unterschiedlich hoch |
| Was sind Pam Matrizen? | zwei AS stehen in einem Alignment gegenüber + Score-> funktional konserviert - score -> nicht gleich |
| Was ist Needleman-Wunsch? | Vergleich von 2 Sequenzen Bei Erstellung des Alignments werden zunächst kleine Problem-Schritte gelöst. Dann wird aus den Teillösungen das Gesamtalignment rekonstruiert Exacte Vorgehensweise, aber Zeitintensiv |
| Was ist progressive Alignment? | - Multiple Sequenz Alignment - quick and dirty |
| Wie verläuft progressive Alignment? | 1. Sequenzenvergleich -Alle Sequenzen werden paarweise miteinander verglichen 2. Cluster Analyse - Erstellen eines Guide trees 3. Progressive Alignment - Alignment von nahe verwandten Sequenzen (ähnliche zuerst) 4. sukzessives globales Alignment -> alte gaps erhalten, neue hinzugefügt |
| Was ist die Distanz methode? Was ist UPGMA? | Berechnung der unähnlichkeiten der alignment Sequenzen Unweighted Pair Group Methode using Arithmetric Means |
| Was ist das Problem von UPGMA? |
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