28293575
| Question | Answer |
| Varför är minor och major groove i DNA viktiga? | De gör det möjligt för proteiner så som transkriptionsfaktorer att "läsa av" och interagera med DNA-kedjan |
| Det humana genomet | 46 kromosomer ca 20 000 gener ca 3.2 miljarder bp |
| Telomerer | Kromosomens ändar En speciell DNA sekvens som cellen kan känna igen så att den vet om det är en hel DNA sekvens eller inte Kodar inte för något => gör inget om de försvinner Längden bestämmer hur många gånger DNA kan replikeras Om de blir för korta/försvinner sker apoptos |
| ORI i eukaryoter | Finns ofta flera stycken eftersom DNA sekvenserna är så pass långa |
| Centromer | (behöver inte sitta i centrum) Håller ihop replikerade kromosomer innan celldelning |
| Kromatider | endast i samband med celldelningen (båda halvorna av den kopierade kromosomen). Efter separation kallas kromatid för kromosom. |
| Kromatin | DNA + proteiner |
| Histon oktamer | A histone octamer is the eight protein complex found at the center of a nucleosome core particle.It consists of two copies of each of the four core histone proteins (H2A, H2B, H3 and H4). mellan DNA:t som är packat runt histonerna finns så kallat linker-DNA som kan vara olika långt |
| Kromatin fiber | clusters of closely packed nucleosomes |
| Heterokromatin | högst packningsgrad |
| Eukromatin | Lägst packningsgrad |
| Chromatin remodeling complexes | Proteiner som ändrar kromatinets packning Använder ATP Sker så kallad "nucleosome sliding" |
| Kovalent modifiering av histoner | Små kemiska grupper kan binda kovalent till "svansarna" Metylering, acetylering, fosforylering påverkar packningsgradeb och inbindningen av regulatoriska preoteiner => påverkar genuttryck Histoners modifieringar kan ärvas till dotterceller (epigenetisk förändring) katalyseras av ett antal |
| Dna polymeras har så kallad | 5'-till-3' polymeras aktivitet 3'-5' exonukleas aktivitet (förmåga att klyva bort nukleotider) |
| Sliding clamp | Hjälper DNA polymeras att "fästa" till DNA då den inte kan göra detta så bra själv Måste släppa för varje Okazakifragment och sedan fästa igen (clamp loader hjälper med detta) |
| nukleas | klyver bort RNA primersen |
| Primosom | primas + helikas |
| Hur lagas brott på båda strängarna? | End-joining: - funkar iprincip i alla lägen så länge de skadade delarna finns nära varandra - kan bli lite fel i lagningen - ändarna "trimmas" bort ifall de inte passar ihop för att kunna sättas ihop Homolog rekombination - mer nogrann - kräver en nyreplikerad kopia av den brutna helixen |
| Somatiska celler | inte könsceller |
| Olika typer av RNA | mRNA tRNA rRNA miRNA (mikro RNA) - reglerar genuttryck andra små RNA - används tex i splicing |
| Ribozym | RNA som katalyserar en reaktion |
| interphase | During interphase, chromosomes are extended as long, thin, tangled threads of DNA in the nucleus and cannot be easily distinguished in the light microscope. We refer to chromosomes in this extended state as interphase chromosomes. It is during interphase that DNA replication takes place. |
| nucleolus | behöver vi kunna? |
| Vad är skillnaden för transkription hos eukaryoter vs prokaryoter? | Mer komplex mekanism i eukaryoter - behövs fler proteiner (transkriptionsfaktorer) - många typer av regulatoriska DNA-sekvenser - transkriptionen är beroende av kromatinets packning |
| Operon | (i bakterier) flera relaterade gener ligger efter varandra och transkriberas som en enhet som ger upphov till polycistroniskt mRNA som kodar för flera proteiner Finns inte i eukaryoter |
| Typiska element i en eukaryot gen | Upstream regulatory region (kan sitta ganska långt framför) Promoter: CAAT box och TATA box Untranslated region: finns många fler och större i eukaryoter. Kan tex påverka hur stabilt ett mRNA är Exon Intron |
| Eukaryot transkription | RNA pol. kan inte ensamt starta transkriptionen. RNA pol. fosforyleras innan transkriptionen startar. Transkriptionsfaktorer bildar komplex tillsammans med RNA pol. INITIERING: - inbindning av transkriptionsfaktor till TATA box (TFIID (med subenheten TBP)) - inbindning av RNA-pol + transkriptionsfaktorer - fosforylering av RNA-pol av TFIIH - dissociation av vissa transkriptionsfaktorer Transkriptionen startar Traskriptionen slutar vid terminator sekvens. RNA-pol defosforyleras och dissocieras från DNA |
| TBP | TATA box binding protein |
| pre-mRNA | det första RNA-transkriptet |
| Processing av mRNA | 5' capping 3' polyadenylering Splicing |
| Capping | Modifiering av 5' änden av RNAt, sker tidigt under transkriptionen |
| Polyadenylering | Efter transkriptionen. Först klyvs ett specifikt site i 3' änden (av endonucleas?) Sedan läggs Poly-A-svans till (finns inte med på DNAt) av Poly(A)polymeras |
| Splicosom | Stort komplex som innehåller snRNA (small nuclear RNA) och som basparar med splicing sekvenserna i pre-mRNAt, samt proteiner som kallas snRNPs (small nuclear ribonucleoproteins) och som binder till snRNA Finns flera snRNPs (U1, U2, U3, U4, U5, U6) |
| Alternativ splicing | exonerna kan kombineras på olika sätt och hela exonern behöver inte vara med, för att ge upphov till olika proteiner |
| Generella transkriptionsfaktorer | används alltid men behövs (oftast eller alltid?) även transkriptionsfaktiorer som är specifika för vissa gener |
| repair polymerase | a DNA polymerase that replaces the RNA primers with DNA often called DNA polymerase I |
| Transcriptional switch | Transkriptionen av en gen kan stängas av och på. Det behövs: regulatorisk sekvens på DNAt och molekyl som binder till den regulatoriska delen |
| Två exempel på reglering hos bakterier | Tryptofan-operonet: Regleras för att stänga av operonet när syntes av tryptofan inte behövs • Trp-repressor: binder bara receptorn vid närvaro av tryptofan (hindrar inbindningen av RNA pol) • Attenuering: Vid höga Trp koncentrationer translateras sekvensen snabbt och loop 3-4 bildas => transkriptionen avbryts Vid låga Trp koncentrationer bildas istället loop 2-3 => transkriptionen fortsätter Lac-operonet: Reglering för att aktivera operonet vid frånvaro av glukos och närvaro av laktos • CAP-aktivator: (då glukos halten sjunker ökar mängden cAMP vilket aktiverar CAP. Denna krävs för effektiv inbindning av RNA-pol till promotorn) • Lac-repressor hindrar transkriptionen även om CAP är inbunden för att inte uttrycka operonet om det inte finns laktos. Släpper i närvaro av allolaktos. |
| Mediator komplex | I eukaryoter kan reglerande genen sitta långt ifrån promotorn. Mediator komplex sammanlänkar transkriptionsfaktorer och RNA pol-komplexet. De hjälper till att samla nödvändiga komponenter och bilda "transcription initiation complex". |
| Histon-acetyltransferas | acetylerar histonerna => ökar transkriptionen |
| Histon-deacetylas | Deacetylerar histonerna => minskar transkriptionen |
| Combinatorial control | Normalt samverkar flera olika transkriptionsfaktorer • Både aktivator- och repressor-proteiner kan binda samtidigt • Detta kallas combinatorial control |
| Cell memory | Differentierade celler behåller sin differentiering vid celldelning Flera mekanismer: - positive feedback - epigenetiska mekanismer |
| Positive feedback | En kritisk transkriptionsfaktor (A) aktiverar: • Sin egen transkription • Transkription av celltyps-specifika gener När cellen delar på sig följer lite av A med till de båda dottercellerna som aktiverar transkriptionen av mer A |
| Epigenetiskt cell minne | - metylering av DNA: Metyleringsmönster kan överföras på dotterceller • Metyleringarna blockerar transkription. • Maintenance methyltransferase överför ”kopierar” metyleringar till den nyreplikerade DNA-strängen - överföring av histonmodifieringar: • Histoner delas upp mellan DNA-strängarna vid celldelning • Nya histoner tillförs • Enzymer känner igen modifieringar på de ”gamla” histonerna och modifierar de nya på samma sätt. |
| Regulatorisk RNA | (I eukaryoter) Tre typer: • MicroRNAs (miRNAs) • Small interferring RNAs (siRNAs) • Long non-coding RNAs |
| miRNA | - processas för i cellkärnan (som vanligt mRNA) - processas sedan i cytosolen där de klyvs av dicer (ett RNase) till ca 22 bp långt ssRNA - ssRNA packas tillsammans med proteiner i cytosolen och bildar RISC (RNA-induced silencing komplex) RISC kan baspara med mRNA vilket blockerar translationen av mRNA:t och mRNAt kan brytas ner av nukleaser (proteiner) i RISC |
| siRNA / RNA interferance (RNAi) | skydd mot främmande RNA (framförallt dsRNA-virus) • RNaset Dicer (samma som processar miRNA) klyver dsRNA till ~22 bp-fragment => siRNA. • siRNA tas upp i ett RISC • En av RNA-strängarna kasseras • RISC med ss siRNA kan söka upp och bryta ner RNA den basparar till |
| Hur packas DNA? | |
| Vad anväder dna pol. som byggstenar? | dNTP - dATP - dTTP - dCTP - dGTPF |
Want to create your own Flashcards for free with GoConqr? Learn more.