Kahjuritest, umbrohtudest ja taimehaigustest vabanemiseks kasutatakse sageli keemilist tõrjet, kemikaalid aga kahjustavad ka ülejäänud mullaloomastikku, näiteks mulda viljakana hoidvaid vihmausse. Liigselt mineraalväetiste jääke ja taimekaitsevahendeid sisaldavad taimed on kahjulikud neist toituvatele loomadele ja ka inimestele. Kui väetised ja taimekaitsevahendid uhutakse sademeveega mullast välja, reostavad need põhjavett ja veekogusid.