Antes de continuar queremos hacer una parada para explicar mejor el flujo de trabajo cuando programas en Java y eso nos dará una idea más exacta de por qué Java es diferente a otros lenguajes y también sobre cómo un IDE nos facilita la labor a los desarrolladores Java.

1) Cuando programas Java escribes archivos con el código Java. Como cualquier lenguaje son archivos de texto plano. En este caso los guardarás siempre con extensión ".java".

2) Cuando compilas tus archivos Java creas lo que se llaman los "Byte Code", que son los archivos ".class". Generalmente, cualquiera de los IDE usados para desarrollar con Java (nombraremos algunos aún en este artículo) tiene herramientas integradas para compilar.
3) Cuando has generado los Byte Code, los puedes ejecutar en tu máquina gracias a la JVM que hay nativa para tu sistema. Recuerda que tienes una JVM específica para cada sistema operativo. La JVM es capaz de entender los archivos Byte Code y ejecutarlos en tu sistema sin fallos y mostrando el mismo resultado que mostraría la JVM de otro sistema operativo.

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Desarrollo de aplicaciones con el lenguaje mencionado