La introducción de los primeros sistemas comerciales comenzó en 1954. La mayoría de los sistemas comerciales modernos de GC funcionan de la siguiente manera (Figura 2):

Un gas portador inerte, como el helio, se suministra desde los cilindros de gas al GC, donde la presión se regula mediante controles de presión manuales o electrónicos (neumáticos)
El gas portador regulado se suministra a la entrada y posteriormente fluye a través de la columna hacia el detector.
La muestra se inyecta en el puerto de inyección (generalmente) calentado, donde se volatiliza y se transporta a la columna por el gas portador.
La muestra se separa dentro de la columna, generalmente una columna larga a base de sílice con pequeño diámetro interno.
La muestra se separa por partición diferencial de los analitos entre las fases móvil y estacionaria, en función de la presión de vapor relativa y la solubilidad en la fase estacionaria líquida inmovilizada.
En la elución de la columna, el gas portador y los analitos pasan a un detector, que responde a alguna propiedad fisicoquímica del analito y genera una señal electrónica que mide la cantidad de analito presente.
El sistema de datos produce un cromatograma integrado.
La cromatografía de gases utiliza hornos que son programables por temperatura. La temperatura del horno GC generalmente varía de 5°C a 400°C, pero puede bajar hasta -25°C con enfriamiento criogénico.

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